L’era post-antibiotica: ripensare il sequenziamento microbiologico

06/07/2014 di Pasquale Cacciatore

Terapia antibiotica, quale futuro?

Nel corso di poco meno di tre decenni, l’aspettativa di vita nei Paesi occidentali è cresciuta, in media, di almeno vent’anni, ed il merito è prevalentemente da ascrivere agli sviluppi della farmaceutica antibiotica. Oggi, però, il rischio di veder vanificata la grande potenza che tale terapia ha introdotto nella lotta a moltissime patologie sta diventando sempre più concreto, fino a divenire quasi un’arma che si ritorce contro il mondo sanitario. È dunque comprensibile perché, oltreoceano, siano in molti adesso a premere affinché le politiche sanitarie cambino direzione, modificando totalmente il modo con cui ci si approcci alla terapia di numerose patologie da microrganismi, sempre più capaci di resistere ai farmaci, al fine di salvaguardare un’arma talmente importante da non poterci assolutamente permettere di perdere.

Dorothy HodgkinI test nella vita sanitaria di tutti i giorni. Pensiamo ad un paziente occidentale che si presenta in un nosocomio con tosse, febbre e sudorazione notturna. Test rapidi confermano la diagnosi clinica di tubercolosi ed allo stesso tempo suggeriscono che si tratti di una forma a resistenza multi-farmaco (multidrug resistance). A quel punto, prima di riuscire a coltivare il batterio per poter effettivamente capire quale farmaco è il migliore nel contesto, occorreranno otto settimane; inutile dire che, nel frattempo, la fortuna di una buona terapia rientrerà solo nelle competenze delle scelte empiriche del medico, con tutti i problemi (e le conseguenze sanitarie) che ciò può comportare in termini di trattamento inefficace e diffusione delle infezioni).

Un breve esempio che fa capire quanto sia importante, oggi, ripensare il sequenziamento microbiologico in tutte le strutture sanitarie, ospedali in prima battuta. Nel caso specifico, sequenziare il DNA del Mycobacterium tuberculosis impiegherebbe meno di una settimana, ed indicherebbe in modo pratico e rapido a quali farmaci quel ceppo batterico risulta resistente.

Insomma, le tecniche di sequenziamento esistono da anni, ed oggi sequenziare il genoma di un batterio può richiedere soltanto un giorno; è arrivato, dunque, il momento di modificare l’approccio all’utilizzo di tali tecnologie affinché diventino strumenti di prima linea nella routine clinica e diagnostica.

Dati utili. Sequenziare una specie microbica vuol dire comprendere per intero in che modo bisogna approcciarsi alla patologia causata dall’organismo, in modo da fornire la cura più efficace (ed efficiente, ovviamente). Per questo motivo negli scorsi mesi sono fioriti i casi di tecniche applicate su larga scala già negli Stati Uniti e nel Regno Unito, dove sono state estese a molte specie batteriche le tecniche di sequencing per individuare e trattare al meglio specie come K. pneumoniae resistente ai carbapenemi (una famiglia di antibatterici), o proprio alcuni infezioni “a due ceppi” di tubercolosi in pazienti a rischi.

L’importanza di fare in fretta. Se oggi buona parte della discussione dell’health technology assesment riguarda la necessità e l’opportunità di trasferire il sequenziamento del genoma umano nella terapia di numerose patologie, si dimentica troppo spesso quanto, in realtà, si potrebbe già adottare un adeguato livello di discussione a proposito del sequenziamento microbico, senza considerare ciò tecnologia di serie inferiore. I mezzi per poter effettivamente inserire tali tecniche nella pratica clinica ci sono già: quello che mancano sono, come spesso accade, politiche sanitarie-economiche che promuovano tale approccio.

Poter individuare un infezione in meno di un’ora, e riuscire in meno di un giorno a progettare una terapia personalizzata per paziente potrebbe aiutare a ridurre di moltissimo la diffusione di numerose patologie, ridurre la pressione selettiva per molte specie batteriche utilizzando farmaci specifici ed evitare il “massacro” della flora intestinale che quotidianamente viene ingiustamente annientata in milioni di pazienti in tutto il mondo.

Risorse e problemi. Per far tutto ciò, ovviamente, è necessario disporre di risorse finanziarie, e nulla è migliore di un programma internazionale che promuova l’adozione globale di questa tecnologia. Nel 2011 fu lanciato il Global Microbial Identifier, un progetto teso a creare un database epidemiologico genomico per identificare la comparsa di resistenze farmaceutiche di vari microrganismi. Nonostante lo scarso supporto di enti pubblici e di ricerca, università e finanziatori privati, il progetto continua ad andare avanti, discutendo oggi della necessità di estendere l’accesso al database da parte di compitò di ricerca ed aziende farmaceutiche, con l’obiettivo di permettere una gestione migliore degli outbreak infettivi e delle infezioni multiresistenti.

L’estensione dell’accesso al database, d’altra parte, comporterebbe però la possibilità di utilizzare le tecniche di sequenziamento per scopi che vanno ben oltre la semplice lotta alla multidrug resistance; sarebbe semplicissimo, con l’ampia diffusione di queste tecniche, stabilire chi ha contagiato chi, soprattutto in ambito di malattie sessualmente trasmissibile. Se si pensa che il passo per l’ingresso in tribunale di un tale test è davvero breve, si capisce perché la cautela è fondamentale.

D’altra parte, la public health ha oggi bisogno fondamentale di vedere applicata globalmente una tale tecnologia, la cui fattibilità ed i costi son chiari e definiti. Insomma, l’era post-antibiotica è già iniziata: adesso la politica sanitaria deve cambiare totalmente, per non rischiare di vanificare i decenni di sviluppo nella lotta alle infezioni da microrganismi, soprattutto tra le popolazioni dei Paesi occidentali.

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Pasquale Cacciatore

Nato a Gallipoli nel 1991, entusiasmato da scienza e tecnologia sin dalla tenera età. Laureato in Medicina e Chirurgia ed ex-borsista presso il Collegio Universitario “Lamaro-Pozzani” della Federazione Nazionale dei Cavalieri del Lavoro, attualmente è Resident Doctor in Igiene e Medicina Preventiva presso l'Istituto di Sanità Pubblica dell'Università Cattolica del Sacro Cuore (Roma). È un appassionato delle tematiche di salute globale, politica sanitaria ed health technology.
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